二零零三年，中華基督教會灣仔堂(簡稱灣仔堂)參與中華基督教會區會(簡稱區會)公理書院遷校計劃，灣仔堂除管理及經濟上支援外，更差派傳道同工及弟兄姊妹成立紅磡基道堂(簡稱紅基堂)。當時與新成立的「基道中學」及灣仔堂基道小學，在福音事工上合作，以一堂兩校的模式，服侍中小學師生及家長，為的是要傳揚主愛，得著靈魂。紅基堂秉承灣仔堂的屬靈傳統和核心價值—健康教會(Healthy Church)和使命教會(Mission Church)，按處境更新變化牧養治會的策略和模式，銳意成為融和合一，具屬靈判斷能力、有整合生命能力﹑有遠象並討主喜悅的教會，以宣講、佈道、關懷並使人成為｢主門徒｣為事工基礎，達至｢得著人，建立人、訓練人﹑差遣人｣。

為更有效牧養及關顧學校的屬靈需要，紅基堂於二零零六年九月，分別於基道中學成立「校牧室」及為基道小學設立校牧而聘女傳道。傳道同工能以校牧的身份，加強對師生及家長的關懷，與老師並肩攜手事奉，使福音在校內能傳遞得更廣更深。

二零零九年，紅基堂在上帝的恩典下得以自立，更舉行五周年自立感恩崇拜，在行政和財政上獨立於母堂，實踐自養﹑自治和自傳。

二零一二年，紅基堂為更有效承接兩校的福音工作，從一堂兩校的服事模式，進深為一堂兩點的福音策略：在小學開設多一個聚會點。